全书由四卷组成，在每一卷中格列佛都要面临常人难以想象的特殊情况。
第一卷写的是格列佛在小人国(利立普特)的遭遇，格列佛与利立普特人的大小比例为十二比一，那里的居民身高仅6英寸，格列佛置身其中，就像一座“巨人山”。起先他被小人们捆了起来，但后来由于他表现温顺并答应接受某些条件，小人国国王同意恢复他的自由。此时，该国正遭到另一小人国(布莱夫斯库)入侵，格列佛涉过海峡把敌国舰队的大部分船只掳来，迫使敌国遣使求和。尽管格列佛立了大功，但后来因在几件事情上得罪了国王，国王决定刺瞎他的双眼，将他活活饿死。格列佛得知消息，仓皇逃向邻国，修好一只小船，起航回家。
第二卷描述格列佛在大人国的遭遇。在这一卷里，格列佛又一次出海时，遭遇风暴，船被刮至一片陌生的陆地。这陆地叫布罗卜丁奈格(大人国)。那里的居民身高有如铁塔。格列佛一到这里，由“巨人山”一下子变成了侏儒，置身大人国，自己仿佛变成了一个利立普特(小人国)人，比例倒了过来，成了一比十二。在大人国的农夫面前，格列佛像鼹鼠般大小，被农夫当作玩物带回家。为了赚钱，农夫竟把他带到市镇，让他耍把戏，供人观赏。后来他被王后买去，得以与大人国的国王相处。逐渐地，格列佛思乡之情日益浓烈，在一次随国王巡视边境时佯称有病，去海边呼吸新鲜空气。当他在岸边钻进小木箱睡觉时，一只大鹰将木箱叼走。后来木箱落入大海，被路过的船只发现，里面的格列佛获救，终于又回到英国。
第三卷写的是飞岛国。这一卷比较松散，铺得较开，写格列佛以勒皮他(飞岛)游历为中心，兼及巴尔尼巴比、拉格奈格、格勒大锥和日本四个地方的游记。
第四卷描述了格列佛在 “慧骃国”的所见所闻。这是历来最为争议的部分。在那里，马是理性的载体，而人形动物“耶胡”则是邪恶肮脏的畜生。格列佛遭到智慧而理性的慧骃的放逐，满心怅惘地回到那块生他养他如今却叫他厌恶的故土，愤怒而又无可奈何地与一帮“耶胡”在一起度过自己的余生。 在这些虚构的国度里可以找到当时英国社会的痕迹。作品集中反映了18世纪前半期英国社会的种种矛盾，对英国政治制度作了辛辣的讽刺。