这件事表明，官方要压抑科学理论的发展实在是徒劳无功。阿那克萨哥拉虽然被迫离开了雅典，但他的思想却遗留给了后世。两个世纪以后，一个叫亚里士多德的人运用了他的思想，并把它作为自己科学假设的基础。经过一千年的漫长黑暗时期以后，亚里士多德的思想又直接传授给了伊本·路西德（通常称阿威罗伊），一位伟大的阿拉伯医学家，他在西班牙南部摩尔大学的学生中大力传播亚里士多德的思想，他把理论和自己的观察结合起来，写下了许多著作。这些书被及时地运过庇里牛斯山，送到巴黎和布伦大学，并译成拉丁文、法文和英文。西欧人和北欧人和盘接受了书中的观点，如今它们已成为科学入门书中必不可少的一部分，在人们眼里就象乘法口诀表一样无害。
现在我们回到阿那克萨哥拉的话题。在他受审判以后差不多一代人的时间里，希腊科学家承蒙恩准，可以教授与民间迷信有所出入的学说。到了公元前五世纪末年，又发生了第二件事。
这次受害的是普罗塔哥拉，一个流浪教师，来自希腊北部以沃尼亚殖民地的阿布戴拉村。这个地区因为是德谟克利特的出生地而已经名声不佳。德谟克利特是具有创见的“微笑哲学家”，他提出一条法则：“只有能够给绝大多数人提供最大幸福和最小痛苦的社会，才是有价值的。”结果他被视为激进分子，应该置于保安系统的监视之下。
普罗塔哥拉深受这一思想的影响。他来到雅典，经过几年的钻研，向人们宣布说，人是衡量世界万物的尺度；生命犹如昙花一现，因此不要把宝贵的时间花在本来就令人怀疑的神的存在上，全部精力应该用来使生活更美好更愉快。
这个观点无疑是击中了要害，肯定会比以往任何文字或谈话都更能动摇人们的信仰。况且，这个理论问世的时候，正是雅典和斯巴达之间的战争胜败攸关之际，人们深受失败和疾病的挫折，已经走投无路了。很明显，这时对上帝的超凡神力提出怀疑，激起上帝的怒火，实在不是时候。普罗塔哥拉被指控为无神论者，勒令必须改变理论，使它服从于法庭。
伯里克利本来可以保护他，但此时他已经去世。普罗塔哥拉尽管是科学家，却对殉道毫无兴趣。
他逃走了。
不幸的是，在驶往西西里的航程中，他的船触礁了。他可能当场溺水而亡，因为从那以后再也没有听到过他的消息。
惨遭雅典人心狠手辣迫害的另一个人是戴阿哥拉斯。其实他并不是哲学家，而是一个青年作家。他在一次官司中没有得到上帝的帮助，便把个人的怨恨一股脑倾泄在上帝身上。在很长时间里，他为自己的苦情郁郁沉思，以至思想发生很大变化。他四处奔走，以亵渎的语言诽谤希腊北部人敬仰的“神圣玄机”。他的胆大妄为使他被判处死刑。可是在临刑前夕，这个可怜虫得到机会逃跑了。他来到科林斯，继续诅咒奥林匹斯的天神，最后终因肝火太旺而一命呜呼。
希腊人不容异说的偏见最后发展到了无以复加的程度，其典型例子就是法庭对苏格拉底的臭名昭著的死刑判决。对此我们有详尽的记载。
只要一谈到世界依然如故，谈到古代雅典人心胸狭窄的程度不亚于后人，人们就必然举出苏格拉底的例子，作为希腊人顽固不化的有力佐证。但是今天我们经过详尽无遗的考察之后，对情况了解得更清楚了。这位街头演说家的一生很平凡，他有才华，却又招人讨厌，他对公元前五世纪古希腊盛行的思想自由精神作出了直接的贡献。
当时的老百姓仍然相信天神的存在，苏格拉底便把自已说成是代表上帝的预言家，雅典人尽管不能完全理解他所说的“精灵”（即在内心深处告诉他应该说什么做什么的声音）意味着什么，却完全可以领悟这一事实：他对周围人们奉若神明的东西是持否定态度的，对传统习俗也不屑一顾。最后，当政者杀死了这位老人，而他的神学观点（尽管官方为了说服大家而牵强附会地作为加罪之辞）实际上于审判的结果几乎毫无相关之处。
苏格拉底是石匠的儿子。他父亲子女很多，收入菲薄。这孩子没有钱念正规大学，因为那个时候的哲学家都讲究实惠，教授一门学科要索取两千块钱的报酬。况且，在苏格拉底看来，追求纯真理、研究没用的科学现象简直是浪费时间和精力。在他的眼里，一个人只要善于培植自己的信念，没有几何学的知识也无关紧要，了解慧星和行星的自然现象对于拯救灵魂毫无用处。
这个鼻梁塌陷、衣冠下整的朴实的小个子，白天在街头巷尾与无业游民争执，晚上则洗耳恭听妻子的唠叨（他的妻子为了养活一大家子人，不得不在家里给别人洗衣服，而丈夫却把谋生看作是生存中最不值得注意的细节）。他多次参加过战争和远征，是个受人尊敬的老兵；他是雅典参议院的前议员，在当时众多的教师中，他被选中为了自己的信仰而引颈受戮。
为了便于了解事情的原委，我们必须了解当苏格拉底为人类的知识和进步做出痛苦而有益的努力时，雅典的政治状况是什么样子。
苏格拉底在一生中（他被处以死刑时已年逾七十），试图告诉人们，他们正在虚度年华，生活的毫无意义，把过多的时间花在了空洞的欢乐和虚无的胜利上，一味挥霍伟大的上帝赐与的各种恩典，力求使自己的虚荣心和野心得到哪怕是几小时的满足。他完全相信人的命运是崇高的，因而打破了旧哲学界设置的所有框框和禁区，甚至比普罗塔哥拉走得还远。昔罗塔哥拉教给人们：“人是衡量世间万物的尺度。”苏格拉底则声称：“人的无形意识是（或者应该是）世间万物的最后尺度；塑造命运的不是上帝，而是我们自已。”
苏格拉底在法官面前的演讲（准确地说，法庭上共有五百名法官，是苏格拉底的政敌精心挑选的，其中有些人还会读书写字），对任何听众来说，不管他们是不是持同情态度的，都是最鼓舞人心的通俗易懂的道理。
这位哲学家争辩说，“世界上谁也无权命令别人信仰什么，或剥夺别人随心所欲思考的权力。”他又说：“人只要具有自己的道德和信念，即使没有朋友的赞同，没有金钱、妻室和家庭，也会成功。但是如果不彻底研究问题的来龙去脉，汪何人都休想得出正确结论，因此必须拥有讨论所有问题的充分自由，必须完全不受官方的干涉。”