格列佛回到英国后不久，又开始了他的第九次航行。
他乘的船顺流而下，在海上航行了很久。在一个明月当空的夜晚，格列佛和船员们突然被一个“大浪”惊醒了。这时，甲板上传来值班水手惊慌的喊叫声：“不好了！鲸鱼把船撞坏了，船开始进水了！”听到喊声，大家迅速跑上甲板，发现船已经开始下沉了。格列佛大喊：“不要慌，快上救生艇！”他镇定地指挥大家逃生。很快，几只救生艇被安全放入了大海，可当船上还剩下他和另外两个水手时，发现救生艇上已经容不下他们三个了。为了众多伙伴的安全，格列佛命令救生艇离开，争取尽快找到救援船只，再回来搭救他们。救生艇渐渐远去了，突然一个大浪把已下沉多半的船打得粉碎。格列佛和两个同伴只能抱住一块木板，漂浮在海面上。
不知过了多久，三人漂流到了一个孤岛上。身子刚一接触到岸边，格列佛就失去了知觉。等他醒来，慢慢睁开眼睛时，不由得被眼前的景象惊得目瞪口呆----一群巨大的野兽围在他的身边, 正在分吃食物----他的两个同伴。这群巨兽似乎对他的存在无动于衷, 这让他感到奇怪。想到有些动物不吃死尸这一说, 他一动不动地躺在那里, 继续装死。同时, 他又悄悄观察了一下这些可怕的巨兽, 惊讶地发现这竟然是一群大老鼠, 体形巨大, 足有两米高, 三米长。看来, 这个孤岛就是这些老鼠的天下了。
老鼠们吃饱了, 四散而去, 竟真的没去碰格列佛, 他长长地松了一口气。心里一放松, 他才感到自己饥肠辘辘。在四周转了一圈, 他发现岛上除了树, 几乎连草都被老鼠们啃得干干净净。这样下去, 即使不被老鼠吃掉, 也会被饿死的。他感到一阵绝望。
为了不被老鼠发现, 他在一个岩洞里为自己找了个藏身之处。当他平静下来时, 脑海里突然冒出一个想法: 老鼠都有储藏食物的习惯, 那么这些大老鼠也不应该例外。何不冒一次险, 到老鼠洞去看看? 他被自己的想法吓了一跳, 但同时又有一些兴奋: 只要摸清情况, 谨慎一点, 也许会有收获呢!
于是, 顺着老鼠巨大的脚印, 格列佛找到了老鼠们的住处----一个巨大的岩洞。幸运的是, 老鼠们刚刚吃饱, 打着雷鸣般的酣, 睡得正香。格列佛踮着脚尖, 一直走到岩洞的最里面, 惊喜地发现这儿居然像个大粮仓, 食物应有尽有。看来, 有不少东西是老鼠们从附近失事的船只上弄来的。更令格列佛喜出望外的是, 他还找到了一些罐头食品, 老鼠们显然不知道如何处理这些食物, 全被扔在了一边。
格列佛尽其所能, 满载而归。只是在临出洞口时, 不小心踩在了一只大老鼠的爪子上, 好在这个大家伙只是翻了个身, 又继续睡了。尽管有惊无险, 也把格列佛吓了个魂飞魄散。他一溜烟跑回自己的藏身处, 尽情把自己的 “战利品” 享用了一番。
接下来的日子里, 格列佛又趁老鼠们外出时, 几进几出老鼠 “粮仓”, 为自己储备了足够的食物。又用随身所带的腰刀制作了几件工具, 凭借这些工具, 他为自己造了一只独木舟。在一个晴朗的早晨, 他把剩下的食物搬上独木舟, 踏上了返航的旅程。