深夜，在波翻浪涌的太平洋波利尼西亚海面，一艘日本远洋渔船在风雨之中飘摇。雷达显示，海底有一个巨大的不明物体在缓缓靠近。每个人都在这神秘的气氛中陷入了莫名的恐惧，恐怖尽头就是死亡：巨大的不明生物轻而易举便将这艘渔船击沉海底，船员们成了它果腹的美食。对这个怪物来说，鱼与人并没有本质的区别。
巴拿马的雨林区也发现了巨大的脚印，是恐龙复活？难道又一个恐龙时代即将来临了吗？
满世界都豪雨如注，与太平洋相距遥远的乌克兰也是一样。
在曾发生核电站泄漏事故的切尔诺贝利，年轻的科学家尼克在雨中工作。他的任务是美国军方指派的：研究受核辐射而产生变异的蚯蚓。尼克单纯快乐，跟电影里大多数美国人一样。当他在雨中观察蚯蚓时，一架直升机从天而降，悬浮在他面前。
在一处医院里，日本渔船上唯一的幸存者躺在病床上，神志不清。一群神秘人物在这位老人身上作放射性测定，领头的神秘人物向老者再三询问，老人只是惊恐万分地重复着三个字：哥斯拉……哥斯拉……
哥斯拉是日本渔民中传说的一种海怪的名字。现在，传说成为现实，巨大的怪物正四处活动，并留下踪迹。
尼克降落在中美洲的某地，希斯上校带着他突破记者的包围，引他来到一个大坑0尼克四面环顾，发现自己就站在一个巨大的三趾脚印里！
循着脚印，吉普车直奔海边，那里停靠着一艘被怪物袭击过的渔船，船体上几道巨大的裂口正与脚印上几个脚趾相吻合。尼克与美国军方一干人以及两个恐龙专家赶到时，已经有人捷足先登了。他们的领头人正是在日本渔民病床前出现过的一名神秘人物。他自称是保险公司调查员，这船是在他们公司投保的。但他的沉稳干练和神秘举止与一个保险公司的调查员相去甚远。
尼克在船体的破口处找到怪物留下的一丝新鲜残肉。
一个研究蚯蚓的家伙能拿这东西干些什么呢？同伴们实在不知道小小的蚯蚓同恐龙般的巨大怪物会有什么联系。
世界上正有大事发生，而一家忙碌的电视台，上上下下都在为不能采访到重大新闻而犯愁。漂亮善良的奥莉更有自己的苦恼，她不想老在名记者查尔斯手下打杂，尤其是为这个刚愎自用而又自私的家伙充当助手。
又一个风雨之夜。怪物在美国海岸出现，制造了又一起船毁人亡的悲剧。
它终于要登陆美国了！
经过对遇难船只上那丝残肉的分析，尼克反对怪物是一只从白垩纪残存至今的恐龙的说法。他认为，海怪不是恐龙，而是南太平洋上由于法国数次进行核试验，由核污染引起基因突变的蜥蜴。他宣布，这是一个因基因突变而产生的新的物种，当然是一种可怕的物种。
哥斯拉登陆这天也在下雨。湿淋淋的码头上一派繁忙景象，浓重的鱼腥味四处飘荡。
漂亮的木板栈桥伸到海中，一个老头在雨中垂钓。他高兴地感到竿上沉重的分量，一条大鱼！只是这条鱼可能过于巨大，竟从他手里拖走了鱼竿。老头空着双手，怔怔地估摸大鱼的分量。海水像隆起的山丘一样鼓涌起来，这片海水的山丘向岸边沉沉地逼近。栈桥像用纸片折成的一样，迸散飞扬。
就从这一刻，怪物在码头上现身了。它是现代版恐龙，一头两百英尺长的巨大蜥蜴。人们不知道它为何长途奔袭，最后选择了纽约，也许是因为世界上只有这个地方巨大的森林般的建筑才与它的身材相配。
电视台老板仍在电话里不停抱怨，没有惊人的事件与报道，而海怪巨大的恐怖身影正从他身后的窗外走过。惊恐的女秘书提醒他，大新闻出现了，但他回头却没有看见。
新任市长里梅在广场上举行就职仪式，这个肥胖的政客正向冒雨前来捧场的人们表示感谢。怪物巨大的脚步声传来，新市长眼巴巴地看着自己治下的城市陷入一片恐怖与混乱之中。
美国人看到过许多巨兽在城市里肆虐的电影，现在，一只真正的怪兽降临了。快乐的美国人在大街上感到它的脚步声像地球心脏一样震荡，高楼大厦、汽车……像积木一样在怪物脚下粉碎。人们在怪物的阴影笼罩下东奔西逃。
奥莉正在向电视台同事维克多夫妻倾诉她在新闻界的失意，突然，电视上出现了有关怪物的报道，尼克与军方同事追踪怪物脚迹的场面出现在屏幕上。这个熟悉的身影令奥莉更加伤感。她向两个朋友追忆自己消逝的爱情，原来，尼克是她大学时代长达四年的恋人，是事业的选择使他们天各一方。
此时，怪物令人恐惧的阴影笼罩了他们。
就在他们眼前，街道上的小汽车在怪物的咆哮冲击下像小甲虫一样翻飞，高大的楼房被怪物从中间洞穿，满街奔逃着惊恐的人群。维克多丢开两个女人，扛起摄像机迎着怪物冲了上去。怪物巨大的三趾脚掌泰山压顶一般向他踩下去，但他却奇迹般地躲过了劫难。怪物威风凛凛走过街道，留下大片的废墟。记者这才有些清醒，恐惧地大叫起来。
城市陷入一片混乱，新任市长里梅面对记者仍宣称在四年的任期中，将使这座城市更加繁荣。保险公司那个神秘人物走到里梅市长面前，告诉他，这个城市百分之三十的产业都在他的公司投保，所以，他将尽一切力量提供帮助。说话时，他把一个窃听器安装在了市长身上。市长带着窃听器进入指挥部，于是，那里的一切计划都被保险公司的神秘人物监听去了。
恐怖阴影笼罩下的纽约人去楼空，只留下武装到牙齿的军人，还有好事的记者们。维克多抢到的怪物镜头在电视台播出了，奥莉再次从电视上看到恋人尼克的身影。两人分手多年，她还只是电视台名记者手下一事无成的小人物。维克多的妻子告诉奥莉，最接近机密中心的尼克也许能够成全她实现多年以来的梦想。她还帮助奥莉移花接木，在大记者采访证上换贴了奥莉的照片。奥莉犹豫不定，上路去寻找尼克。她不知道前面等待自己的是获得独家新闻一举成名，还是失去了多年的爱情。
军队严阵以待，怪物却在摩天大楼森林里消失得无影无踪。经过反复搜寻，才发现怪物钻入了地下。
尼克对指挥官说，在城市地下巨大的迷宫里，搜寻是徒劳无益的，应该引诱怪物自动出现。
于是，几大卡车鱼倾倒在城市中央。深夜，大雨如注，把浓烈的鱼腥味播散到下水道里。大蜥蜴果然出现了，贪婪地吞食那大堆鲜鱼。尼克冒着生命危险拍下了它的照片。指挥部下达了消灭大蜥蜴的命令，步枪、机关枪、火箭炮、坦克便一齐开火，可唯一的效果只是激怒了怪物，令许多士兵丧命在怪物的巨掌之下。武装直升机出动，在摩天大楼的峡谷里追逐怪物。飞机上发射的导弹没有击中怪物，反而摧毁了著名的克莱斯勒大厦。因为怪物是冷血动物，体温太低，寻热导弹便奔向了灯火灿烂的摩天大楼。最后，几架直升机也被怪物粉碎在街道上，变成了几堆熊熊的烈焰。怪物又从人们眼皮底下溜掉了。
尼克采集到怪物的血液样本。他反复琢磨，这个新的巨无霸物种为何要从太平洋穿越中美海底，到大西洋岸登陆，闯进这个摩天大楼组成的大森林？一个奇异的想法闪过他的脑海。
尼克走进一家药品商店，买走了全部检测早孕的药液。
奥莉推门走进药店，问他：你有多少情妇遇到了麻烦？
尼克没有料到此时此地竟见到奥莉，惊喜万分。一对毕业之后八年未通音讯的情人就此相逢。
尼克见奥莉胸前挂着的采访证，祝贺她当上记者，实现了自己的梦想。
奥莉想要否认也来不及了。两人来到尼克的临时住处，尼克用检测早孕的试液，对怪物的血液样本进行检测。预料当中最可怕的结果成了现实：怪物怀孕了！尼克来不及与奥莉深谈，赶往试验室作进一步的试验，并要奥莉等他回来。
尼克离开后，奥莉发现尼克桌上摆放着她的照片，心灵受到了巨大的冲击。这时，一盒写着最高机密字样的录像带吸引了她的目光，她不由自主便把录像带塞进机器放了起来，录像带上记录着怪物出现以来的全部资料。一心渴望在新闻界取得成功的奥莉明白自己的机会终于来了，成功的诱惑太难于抵抗，她拿了录像带赶回电视台。
城市的地下迷宫里，军人们在四处搜寻怪物的踪迹。指挥部里，市长、军方高级将领都在费尽心思猜测，怪物下一步将干什么。
激动的尼克冲进了指挥部。怪物血样的化验结果证明了他的推想，大蜥蜴是到纽约的钢筋水泥丛林里产卵来了。尼克的想法受到了恐龙科学家的质疑：既然这是第一头变种生物，那它如何受孕，它是蜥蜴里的圣母玛利亚吗？尼克的回答很简单，这个对人类生存造成巨大威胁的新物种是单性繁殖。根据蜥蜴的习性，它已经或将要在纽约城里某处产下十二枚巨卵，但他的想法却受到了别人的讥嘲。这一切，通过市长身上的窃听器，都在保险公司那伙神秘人物的掌握之中。
就在这时，奥莉偷走的绝密材料在电视台播出了。
满以为自己会一炮走红的奥莉发现，自己的报道被查尔斯——那个无耻的名记者给剽窃了，同时，她还因此失去了刚刚重逢的恋人尼克。知道已经铸成大错的她，身不由己还是赶往指挥部，结果正碰见因泄露机密而被除名的尼克搭乘出租车离开。奥莉向尼克承认错误，并告诉他，这些年，自己远未取得成功，还没有当上记者，只不过是电视台里的勤杂人员罢了。尼克还是伤心地乘上出租车离她远去。
天正下着雨，奥莉眼前一片迷蒙，分不清是眼泪还是雨水。
维克多驾车跟踪尼克的出租车，以记者的职业敏感，他觉得自己可能会发现点什么。直觉很快就印证了。出租车没有去机场，却拐上了一条僻静的马路。
尼克也发现出租车没有走去机场的路，高叫停车。结果门锁落了下来，他想打开车门也不能够了。车一直开到一座仓库前才停下，司机打开前后座的隔离窗，回过头来。尼克认出，他就是保险公司那伙神秘人物的头头。
那人向他出示了法国情报局的证件，并自我介绍说是菲利普侦探。尼克遇上了一个间谍。他被带进了仓库，里面有一支精干的小部队。菲利普要他合作，一起去寻找怪物产卵的巢穴。菲利普还告诉尼克，他的任务就是为法国过去的错误做弥补工作，为了保全国家的形象，他只能偷偷地完成自己的任务。尼克答应合作，并在地图上标出了最可能接近怪物巢穴的地铁站口。
维克多趴在窗户上偷听到这一切，回去叫上懊悔不已的奥莉，带上摄像机一同去地铁站口跟踪菲利普与尼克一行人。
在地铁站里，他很快就发现了法国人与尼克的行踪。而在地面上，失去怪物踪迹的人们，又沿用尼克的老办法，在广场上堆起了鲜鱼。于是，正为即将孵化的卵储备食物的怪物又从地下出动了。这次，强大的火力跟踪追杀，怪物无路可逃，跃入了一个深深的湖泊。水下，有潜艇严阵以待，声纳锁定目标，鱼雷发射。怪物却出乎意料地径直游向潜艇，结果，潜艇用自己的鱼雷结果了自己。另一艘潜艇的两发鱼雷又奔袭而来，怪物巨大的身躯沉沉地翻倒在深深的湖底。
指挥部里一片欢呼，沮丧万分的里梅市长又振作起来。人们都忘记了尼克的警告。
在地下，一条条鱼给尼克与菲利普一行指出了方向。最后，他们从一座摩天大楼的地下室爬进大楼内部。踩着脚下成堆的死鱼，尼克的预言被证实了。但这些卵远远超出尼克所预言的数字，更糟糕的是，一颗颗巨卵已经开始孵化了，而他们没有带上足够摧毁两百枚巨卵的炸药，他们只能眼睁睁地看着巨蜥破壳而出。它们一出壳就有十来英尺长，而且都因为饥饿而特别富于攻击性。尼克一行人被困在了巨蜥阵中间，跟踪而至的记者维克多与奥莉也身陷绝境。巨蜥们纷纷破壳而出，令人恐怖的叫声在麦迪逊广场的圆形大楼中回荡。
在成群怪物的攻击下，菲利普的部下一个个丧身于巨蜥口中，最后，只有他与尼克在大楼里左冲右突。面临绝境的他，意识到必须把这里的消息通知给美国军方指挥部，但他却找不到联系的办法。正无计可施时，维克多与奥莉从上一层楼面跌落到他们面前。
尼克没有想到在这样一个情境下与旧日恋人再次相见，对她的怨气自然烟消云散。
聪明的奥莉想起了一个联系方法。他们来到麦迪逊广场的电脑控制中心，奥莉通过电脑与电视台的转播间取得了联系，但转播间的工作人员不敢按她的吩咐把消息发布出去。维克多灵机一动，把摄像机转向了咆哮着左冲右突的巨蜥群，工作人员这才同意由奥莉进行现场电视报道。
这时，里梅市长以为已经大功告成，要让市民尽快返回家园。作为一位新任市长，他太需要做点事情来证明自己了。原先怀疑尼克的恐龙科学家这时提醒希斯上校应该寻找恐龙的巢穴，军队这才再次行动起来。
奥莉的宿愿终于实现了，却是在几乎没有生还希望的情形之下。她从容地整理好发型，拿着话筒走到了镜头面前。她的形象取代了名记者的图像，出现在纽约城所有开着的电视机上。她从容镇定地把尼克博士请到了电视镜头前，现场采访。秘密终于对所有人公开了。尼克告诉公众，多年来，他都在从事受核污染而产生基因变异的生物编目工作，这所谓的哥斯拉不是日本渔民传说中的海怪，也不是史前恐龙的遗存，而是一个新的物种。目前，一头巨蜥产下的两百多枚卵已经孵化，如果不立即加以消灭，一年下来，它们将繁殖为四万头。要不了多久，它们就会代替人类成为地球新的主宰。尼克警告说，已经孵化出的这些怪物又饥饿又凶残，不能让它们冲出大楼，所以大楼必须摧毁。
结束特别报道时，奥莉镇定自若地强调即使他们没有撤出，大楼也应该毫不犹豫地加以摧毁。看来，奥莉是第一次当记者，也许是最后一次了。电脑上传来消息：战斗机已出动，六分钟内这幢大楼将不复存在。巨蜥们已经把电脑室四面包围，他们无路可逃了。菲利普挥枪一阵猛烈扫射，打碎了一面钢化玻璃墙，四个人顺着绳索滑到楼下。曲折的楼道中，他们眼看要被一群巨蜥追上，尼克急中生智，掀翻了一个个堆满足球网球的货架，巨蜥们纷纷摔倒在地，他们才幸而脱险，终于来到通向大楼出口的大厅里。但是，大厅里黑压压地挤满了准备冲出大楼的巨蜥，封住了他们的逃生之路。
而战斗机正呼啸而来，离开火的时间只剩最后三十秒钟了。
又是菲利普挥枪打下大厅顶上一盏盏吊灯。粉碎在地上的盏盏吊灯使巨蜥受惊，让出一条窄窄的通道。四个人这才逃出了大楼。
导弹从机翼下飞掠而出，这座巨大的圆形大楼在凶猛的爆炸中腾起了烈焰。四个死里逃生的人趴在地上，看着一群巨蜥都被埋葬在了废墟里，这才缓过一口气来。
可是，据悉已被潜艇炸死在湖底的大蜥蜴又出现了。它俯身在废墟上，发出了悲怆而又残忍的嗥叫，大街上立时弥漫开血腥的气息。四个人跳上一辆出租车开始拼命奔逃。绝望的大蜥蜴愤怒追赶，巨大的身躯所到之外，楼倒人亡。有时，他们觉得摆脱了怪物的追击，可它又赫然出现在面前的道路上，这让人相信，怪物是有智慧的。当四个人庆幸面前再没有出现它的身影时，它却设下埋伏，小汽车径直开进了它张开的血盆大口。这时，尼克抓到了一段断头的电缆，闪着火花的电缆刺向怪物的上颚，使它大张巨嘴，出租车才得以飞驰而出。在指挥部的命令下，出租车驰向布鲁克林大桥。大桥上，怪物终于陷入了圈套，整个身子都被大桥上像网一样密集的钢缆罩住了。
怪物愤怒而又绝望地咆哮，整个纽约之夜都在这咆哮声中颤抖。指挥部调遣的战斗机适时赶到，一排导弹击中怪物的半边身子，又一排导弹击中它另一半身子。垂死挣扎的怪物挣脱了钢索，跃上街头，但它已经筋疲力竭，心有不甘地倒在了地上。
尼克走到怪物身边，看着这个曾对人类生存构成毁灭性威胁的庞然大物在越来越微弱的呻吟声里闭上了眼睛。怪兽像非洲鼓一样的心跳声也消失了，世界平静得就像这种声音从未出现过一样。转眼之间，劫后的大街上拥满了欢呼的人群。
尼克被记者包围，但他深情地看着奥莉说，不，我的新闻只提供给一个记者。这回，奥莉扬眉吐气，炒了自己老板的鱿鱼。命运让一对有情人又走到了一起。
欢乐的人群里却没有了菲利普的身影。
维克多为自己摄制到的历史性场景而得意洋洋，不想，摄像机里却没有了录像带。这时，尼克的手提电话响了，从欢乐的海洋之外传来了菲利普那饱经沧桑的声音，他感谢尼克的合作与支持，同时，他告诉尼克，录像带在他手上，回去作一些必要的删改后，就寄还回来。
奥莉问尼克，那个法国人是干什么的？尼克淡淡地答道：保险公司的调查员。
杨霞 译