斯宾诺莎最厌恶妥协，三言两语就回绝了这些事。结果，根据出名的古老《惩处准则》，他被逐出教会。那个准则毫不给人思考的余地，全是照搬耶利哥时代的诅咒谩骂的字眼。
面对五花八门的咒骂，他泰然坐在屋里，从报纸上了解前一天发生的事。甚至当一个《准则》的狂热者想结果他的性命时，他也不肯离开城市。
这对犹太教士的威信是一个沉重的打击，他们尽管乞灵于约书亚和伊莱沙，在短短的几年里却仍有人再次公开向他们挑战。他们心急火燎地向市政厅提出诉讼，要和市长见面，告诉他这个刚被赶出教会的巴鲁克·德·斯宾诺莎的确是个危险分子，是不可知论者，不信仰上帝，在阿姆斯特丹这样受人尊敬的基督社团中不应该容忍这种人。
那些大官人有个好习惯，凡事都不插手，而是推给基督教牧师的小组委员会去办理。这个小组委员会研究之后。发现斯宾诺莎并没有做有害于城市法律的事，便如实向市政府的官老爷做了报告。不过他们又觉得一个教派的人能如此团结一致是好事，便向市长建议，请这个似乎独立性很强的年轻人离开阿姆斯特丹几个月，等风头过了再回来。
从那以后，斯宾诺莎的生活一直平坦无波，就象他从窗口看到的大地一样。他离开了阿姆斯特丹，在莱顿附近的莱茵斯堡小村里租了一间房子，白天修磨光学仪器的镜头，晚上抽着烟斗，根据自己的兴致读点什么或写点什么。他一直没有结婚。谣传说他和拉丁文老师范·登·恩德的女儿有私情，可是斯宾诺莎离开阿姆斯特丹时那孩子才十岁，所以不大可能。
他有几个挚友，每年至少两次提出要给他一点接济，使他能用全部时间致力于研究。他回答说他感谢他们的好意，但他更愿意独立，除了一个有钱的笛卡尔主义者每年给他八十块钱外，他不再多要一分钱，生活在真正哲学家应有的受尊敬的贫穷之中。
他曾经有机会去德国当教授，但他谢绝了。著名的普鲁士国王给他写信，愿意当他的资助人和保护人，他也给予了否定回答，继续度过平静快活的流亡生活。
在莱茵斯堡住了几年后，他搬到海牙。他的身体一直不好，半成品镜头上的玻璃沫感染了他的肺。
一六七七年，他孑然一身孤独地死去了。
使当地教士愤然的是，不下六辆宫廷豪门的私人马车陪伴着这个“无神论者”直到墓地。两百年后，当纪念他的雕像落成的时候，倒霉的警察不得不大批出动去保护参加这个隆重仪式的人，使他们不被成群的狂热加尔文教徒的怒火所害。
这就是他，他有什么影响呢？他难道只是把没完没了的理论塞进成摞的书里、使用的语言能把奥马尔·卡雅姆气得脸皮发育的勤奋哲学家吗？
不。
他取得的成就绝不是靠发挥才智或靠用巧言善辩正确阐述自己的理论。他之所以伟大，主要靠他的勇气。他属于这样一种人：他们只知道一种法则，它是在早已被忘却的遥远的黑暗年代里定下的不可更改的一套规矩，这些规矩是为那些自命可以解释圣理的职业教士创立的精神专制体系。
在他生活的世界中，知识自由的思想与政治上的无政府几乎是同义词。
他知道他的逻辑体系既会得罪犹太人，也会得罪非犹太人。
但他从来没有动摇过。
他把所有问题都视为普遍问题，一无例外地看做是一个无所不在的意志的体现，是纯现实的表现，它将适用于最后审判日，就象适用于创世纪那样。
这样，他为人类的宽容事业做出了巨大贡献。
斯宾诺莎象前面的笛卡尔一样，摈弃了旧宗教设下的狭隘界线，以百万星辰为基石，建立起了自己的崭新思想体系。
这样一来，他恢复了从希腊和罗马时代就被歪曲的人类的真正形象——作为真正的世界一员的形象。