平定洪杨之乱的，并非清政府及其朝臣，乃是靠一班读书人及农民。当时曾国藩平定金陵洪杨乱事后，推满臣官文奏捷。
由于洪杨用耶教宣传，引起农民之不满，于是曾国藩用农民组成的湘军遂起抗拒之。曾氏之反洪杨，乃不满洪杨窃外夷之绪，崇天主之教；农不能自耕以纳赋，谓田皆天主之田；商不能自贾以纳息，谓货皆天主之货；士不能诵孔子之经，主张要读耶稣之说、《新约》之书，因之激起民变。洪杨之失败，并非不能够推翻清政府，而是不能推翻中国社会固有的道德信仰与传统习惯。
洪杨当时在南京而不北上，乃因长江有舟船可资利用，故不想再去北方。
而湘军却有荡平天下、安定邦国之理想及心理准备，且曾氏用兵亦有计划与推行之步骤，并一身以天下为己任，他同时网罗人才，提倡风气，重视学术文化，而幕府宾僚，人才济济。
洪杨入南京后，互相残杀，任用家人，而众叛亲离。文治制度方面，又不上轨道。亦不能广泛吸纳人才。一无建树，安得不败也。
洪杨之乱平定后，捻回之乱又起。清廷无法，仍得靠赖湘军。
曾国藩于同治三年克复南京后，命部下率军赴皖鄂交界处剿捻。曾荐李鸿章自代，同治六年捻平。接着左宗棠又平定甘肃、新疆之回乱。李、左同为曾国藩一系人物也。
曾、左、李加胡林翼，同为同治中兴之人物，但他们能平乱，却不能办治事。又因清政府猜忌汉人，故不能推诚大用。兼具胡林翼早卒，曾、左一直驰骋于疆场，未能为中央大臣，对朝政并无贡献。故乱事虽平，但吏治仍然腐败如昔，社会元气又大伤，朝政当然无法振作了。