孙瑜,字仲异,以恭义校尉身份开始带兵。当时宾客和各位将官大多是长江以西之人,孙瑜虚心地安抚大家,得到大家的喜爱、信任。
建安九年(204),孙瑜兼任丹杨太守,众人前来归附,兵力达一万余人。他被加授为绥远将军。
建安十一年(206),孙瑜与周瑜一起讨伐麻屯、保屯,获得胜利。他后来跟随孙权在濡须抵御曹操,孙权想交战,孙瑜劝说孙权应稳重防守,孙权不听,军队果然没有获得战功。升任孙瑜为奋威将军,兼任郡守如前,从溧阳迁到牛渚驻守。孙瑜用永安人饶助为襄安县县长,无锡人颜连为居巢县县长,让他们招纳庐江的两郡,都得到降附之众。济阴人马普笃学好古,孙瑜厚礼相待,让两个郡府中将领官吏的子弟几百人从他受业,于是设立学馆,置备饮食讲堂。当时诸位将领都只专心从事军务,而孙瑜却喜好典籍,虽然身在军旅,却诵读之声不绝。
建安二十年(215),孙瑜三十九岁时去世。孙瑜有五个儿子,即孙弥、孙熙、孙火翟、孙曼、孙纮。孙曼官至将军,被封侯。