皮卡丘和他的主人小智相处得非常和谐，他常常坐在小智肩膀上不亦乐乎，可是他们偶尔也会闹闹矛盾，这不，一天早上，皮卡丘又闹脾气啦，嘟嘟囔囔埋怨小智只顾着写作业而不陪他玩，小智一生气，就把皮卡丘塞进了精灵球里，要知道，皮卡丘最讨厌进入精灵球啦！
皮卡丘在精灵球里拼命折腾了一番，最后他知道这都无济于事，一气之下他喝了一瓶缩小药，想把自己变小了让小智找都找不到他，可是神奇的事情发生了，他在精灵球里发现了一个小人国！于是他一头扎进了小人国，开始了他的奇幻之旅：小人国里花红柳绿，小溪欢快地在巍峨的大山间流淌，皮卡丘蹦蹦跳跳地往前走着，突然间一个三头怪出现了，它招呼皮卡丘去他的房子里吃大餐，各种蒸煮炸炒的美食摆满了一桌子，还有非常精致可口的甜品，这可是皮卡丘的最爱，他狼吞虎咽，把个肚子吃得圆圆的，这时候只要有人轻轻一推，他都可以变成个皮球在地上滚起来！大餐吃完了，又有一个六手怪开着飞机带皮卡丘去巡游了一圈，他体验了在云雾中俯看小人国的美景，还在意犹未尽时，六手怪又带着他坐刺激的过山车，接下来是神奇的UFO，还有富丽堂皇的大厦，安装着“刷”一下就能窜上100多层楼的超音速电梯，大厦的每个房间都有一种古往开来的动物和精灵，在静静地坐着思考……
正当皮卡丘沉浸在小人国里兴奋得不能自拔时，他喝的缩小药失效了！只听“砰”的一声，皮卡丘变大了，小人国被撑破了，精灵球也剧烈地摇晃起来，正在写作业的小智本来被作业搞得昏昏欲睡，突然听到动静，一下子清醒起来，他急忙把皮卡丘从精灵球里抠了出来，“还好还好，小家伙还是原来那副调皮的样子！”，小智心里暗暗庆幸，可是他不知道，皮卡丘在精灵球里经历了神奇的旅行，而他还打算偷偷把缩小药放到小智的水杯里呢！